Zymo Researchが下水のSARS-CoV-2変異株検出用にオープンソースのバイオインフォマティクス・パイプラインを公開

Zymo Research Corp.

2021-05-12 20:46 1299

【アーバイン（米カリフォルニア州）2021年5月12日PR Newswire＝共同通信JBN】

＊VirSieve（TM）Bioinformatics Pipelineの早期公開は、環境に関するSARS-CoV-2研究の協力を促進

Zymo Researchは、下水のSARS-CoV-2変異株検出への世界的な協力とサポートを促進するため、環境微生物学コミュニティーにVirSieve（TM）Bioinformatics Pipeline（VirSieve™ Bioinformatics Pipeline ）のソースコードを公開した。VirSieve（TM）は、監視対象コミュニティーに存在するウイルス変異株をより良く把握するため、下水検体のSARS-CoV-2ウイルスからシーケンシング・リードを分析する自動計算パイプラインである。このソフトウエアは、観察されたウイルス変異株の信頼区間を評価することにより、ウイルス遺伝物質の変化の分析精度を大幅に高める可能性がある。

Zymo Research releases the VirSieve™ Open-Source Bioinformatics Pipeline source code to the environmental microbiology community to promote global collaboration and support for the detection of SARS-CoV-2 variants in wastewater.

米疾病対策予防センターによると、ワクチンの配備は米国内のSARS-CoV-2パンデミックの抑制に多大な肯定的影響を持っているが、新種のウイルス株はなおも出現している。これらの株の一部、例えば、B.1.1.7は、まん延拡大、病原性、ワクチン回避の形跡によって「懸念される変異株」に分類されている。Wastewater Next-Gen Sequencing（下水次世代シーケンシング）は、ほぼリアルタイムのコミュニティー監視の最も実行可能なソリューションとして出現している。

下水からのウイルス・シーケンシングは、ウイルスのRNAの分解・劣化のために困難であり、しばしば最終的に偽変異株として現れるシーケンシング・エラーという結果になる。VirSieve（TM）は、これらの偽変異株を特定し、信頼性が低い、または信頼性がないとマーク付けすることができ、これによって、研究者はより高度のサポートを得て変異株にフィルターをかけることができる。Zymo Researchは、下水検体の安全かつ大気温度の採集・輸送のためのウイルスの不活化後、ウイルスのRNAをさらなる劣化から守る試薬DNA/RNA Shield（TM）（DNA/RNA Shield ）も提供する。

Zymo ResearchのLaboratory Information Systems（実験室情報システムズ）ディレクター兼VirSieve（TM） Pipelineプロジェクト責任者であるMichael Weinstein博士は「Zymo Researchはこれまで、CalREDIE公衆衛生報告システムを通じてCOVID-19検査結果を提出するためのオープンソース・クライアントであるZymo Research Transmit Programのようなパブリックソフトウエアツールを開発してきた。VirSieve（TM）は、世界中のパンデミック対策に最大限のサポートを提供するためのZymo Researchの継続的取り組みの一環である。VirSieve（TM）は下水のSARS-CoV-2ウイルス変異株の追跡だけでなく、将来の公衆衛生の取り組みのために他のウイルスに対しても使用される潜在性があると考えられる」と語った。

Zymo Researchの有給講演者で、WorldQuant Institute for Quantitative Prediction共同ディレクター、Weill Cornell Medicineの生理学・生物物理学教授であるChristopher Mason博士は「臨床検体や下水から間違いのない変異株を得ることは、その他の全てのウイルス変異株との関係におけるウイルス株の適切な配置にとって重要であり、病原体追跡の取り組みの基礎となる」と語った。

VirSieve（TM）Pipelineの詳細はZymo Researchのウェブサイト（website ）を参照、または電子メールでtech@zymoresearch.com に問い合わせを。

▽Zymo Research Corp.について

Zymo Researchは1994年以来、最先端の分子生物学ツールを科学・診断コミュニティーに提供している株式非公開企業である。「The Beauty of Science is to Make Things Simple（科学の美点は物事をシンプルにすることである）」が同社のモットーであり、これはエピジェネティクスからDNA/RNA精製技術まで同社の全商品に反映されている。歴史的にエピジェネティクスのリーダーとして認められてきたZymo Researchは、検体採集のための斬新なソリューション、微生物測定、診断装置、高品質で使いやすいNGS（次世代シーケンシング）技術で限界を打ち破っている。Zymo Researchのフォローは、Facebook（Facebook ）、LinkedIn（LinkedIn ）、Twitter（Twitter ）、Instagram（Instagram ）で。

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